Un consortium dirigé par des chercheurs de l’Institute of Network Biology (Helmholtz Munich) et du TAGC (Inserm, Aix Marseille Université) en collaboration avec des partenaires internationaux, met en évidence un mécanisme de communication jusqu’alors inconnu entre les bactéries intestinales et les cellules humaines. Les bactéries présentes dans l’intestin humain peuvent directement délivrer des protéines dans les cellules humaines, influençant ainsi activement les réponses immunitaires. Ces résultats révèlent une nouvelle manière dont le microbiome intestinal agit sur le corps humain et pourraient contribuer à mieux comprendre comment les modifications des bactéries intestinales participent au développement de maladies inflammatoires, comme la maladie de Crohn.
Bien que le microbiome intestinal humain soit depuis longtemps associé à des troubles immunitaires, métaboliques et inflammatoires, la plupart des preuves sont corrélatives et les mécanismes moléculaires à l’origine de ces liens restent largement inexplorés.
L’étude montre que de nombreuses bactéries intestinales courantes et inoffensives possèdent des systèmes de sécrétion de type III, des structures microscopiques ressemblant à des seringues qui peuvent injecter des protéines bactériennes directement dans les cellules humaines. Jusqu’à présent, on pensait que ces systèmes n’existaient que dans les bactéries pathogènes telles que Salmonella.
Afin de comprendre le rôle de ces protéines bactériennes dans les cellules humaines, les chercheurs ont cartographié plus d’un millier d’interactions entre les protéines effectrices bactériennes et les protéines humaines, créant ainsi un réseau d’interactions à grande échelle. Leurs analyses ont montré que les protéines bactériennes ciblent préférentiellement les voies humaines impliquées dans la régulation immunitaire et le métabolisme.
Les chercheurs ont également découvert que les gènes codant pour ces protéines effectrices bactériennes sont enrichis dans le microbiome intestinal des patients atteints de la maladie de Crohn.
En identifiant un lien moléculaire jusqu’alors méconnu entre les bactéries intestinales et le système immunitaire humain, cette étude fait progresser notre compréhension de la façon dont le microbiome affecte les cellules humaines, faisant passer la recherche de la corrélation à la causalité.
Plusieurs chercheuses et chercheurs du TAGC ont contribué de façon significative à ce projet: Jaime Fernandez-Macgregor, Deeya Saha, Mégane Boujeant, Sébastien Choteau, Lou Bergogne, Jérémie Perrin, Christine Brun et Andreas Zanzoni (auteur co-correspondant de l’article).
Communiqué de presse (Inserm):
https://presse.inserm.fr/un-nouveau-lien-moleculaire-entre-les-bacteries-intestinales-et-le-systeme-immunitaire-humain/71813/
Publication originale
Young et al., 2026: Effector–host interactome map links type III secretion systems in healthy gut microbiomes to immune modulation. Nature Microbiology. DOI: 10.1038/s41564-025-02241-y. https://www.nature.com/articles/s41564-025-02241-y