Principales missions

Les missions du plateau technique de biologie moléculaire et cellulaire du TAGC s’inscrivent dans:

  • des activités de service : entretien et maintenance d’appareillages, gestion des stocks de réactifs et de consommables ;
  • des activités de formation à l’utilisation des instruments et aux techniques de base en biologie moléculaire et cellulaire, et du transfert de compétences ;
  • des activités de développement technologique ;
  • des activités expérimentales dédiées aux projets de recherche du TAGC

 

 

Techniques et approches technologiques développées

  • Extraction, analyse quantitative et qualitative d’acides nucléiques (ARN et ADN),
  • clonage moléculaire,
  • PCR conventionnelle,
  • qPCR (génotypage par discrimination allélique, quantification ADNm et ADNg),
  • qRT-PCR (SybGreen ou sonde d’hydrolyse),
  • test gène rapporteur Dual-luciferase,
  • EMSA,
  • Western blot,
  • préparation de librairies pour ChIP-seq,
  • préparation d'échantillons cellulaires pour scRNA-seq,
  • CRISPR (KO, KI, interference ou activation),
  • STARR-seq (Self-Transcribing Active Regulatory Region sequencing) and MPRA (Massively Parallel Reporter Assay)

 

Instruments

Analyse de la qualité des échantillons et quantification
Bioanalyzer 2100, Agilent
Nanodrop, spectrophotomètre nano-volume
Qubit, fluorimètre
Lecteur de plaque Nivo Victor
Appareils de qPCR
6Flex, Applied Biosystems
QuantStudio3, Thermo Fisher Scientific
AriaMx, Agilent
 
Imagerie
imageur iBright CL750, Thermo Fisher Scientific
système d'imagerie EVOS M3000
   
Culture cellulaire
système de transfection NEON
compteur de cellule COUNTESS
homogénéisateur broyeur de tissus Precellys
 

 

Liste de publications 

hal-03162042v1  Article dans une revue
 Rare Pathogenic Variants in Mitochondrial and Inflammation-Associated Genes May Lead to Inflammatory Cardiomyopathy in Chagas Disease
Journal of Clinical Immunology, 2021, ⟨10.1007/s10875-021-01000-y⟩
hal-04549763v1  Article dans une revue
 From Genome-wide Association Studies to Functional Variants: ARL14 Cis - regulatory Variants Are Associated With Severe Malaria
Journal of Infectious Diseases, 2024, pp.jiae159. ⟨10.1093/infdis/jiae159⟩
hal-04268017v1  Article dans une revue
 A Non-Coding Fc Gamma Receptor Cis-Regulatory Variant within the 1q23 Gene Cluster Is Associated with Plasmodium falciparum Infection in Children Residing in Burkina Faso
International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (21), pp.15711. ⟨10.3390/ijms242115711⟩
hal-04044391v1  Article dans une revue
 Short tandem repeats are important contributors to silencer elements in T cells
Nucleic Acids Research, 2023, 51 (10), pp.4845-4866. ⟨10.1093/nar/gkad187⟩
hal-03513096v1  Article dans une revue
 Co-Exposure of Cardiomyocytes to IFN-γ and TNF-α Induces Mitochondrial Dysfunction and Nitro-Oxidative Stress: Implications for the Pathogenesis of Chronic Chagas Disease Cardiomyopathy
Frontiers in Immunology, 2021, 12, ⟨10.3389/fimmu.2021.755862⟩
hal-03690258v1  Article dans une revue
 Identification of ATP2B4 Regulatory Element Containing Functional Genetic Variants Associated with Severe Malaria
International Journal of Molecular Sciences, 2022, 23 (9), pp.4849. ⟨10.3390/ijms23094849⟩
hal-04750444v1  Article dans une revue
 An Expression Quantitative Trait Locus of Fc Gamma Receptor Genes is Associated with Anti-Malarial IgG Responses and Infection Levels in Burkinabe Families Running Title: Association of rs1771575 with Malaria
Journal of Infectious Diseases, In press, 2231 (4), pp.1008-1019. ⟨10.1093/infdis/jiae528⟩

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