Responsabilités scientifique et administrative
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Ma mission principale est d'assurer un développement harmonieux et cohérent de l'informatique et du réseau du laboratoire dans ses dimensions bio-informatique, système d'analyses biologiques, systèmes de contrôle et de bureautique ; d'administrer et exploiter les moyens informatiques, matériels et logiciels ; d'assurer la mise en service des systèmes et produits nouveaux. Je participe également en tant que IR en bio-informatique au déploiement de méthodes bio-informatiques (workflows de traitement, analyse et interprétation de données) pour le laboratoire et la plateforme TGML. |
J'assure également diverses fonctions au sein de l'unité :
- Correspondant informatique INSERM et AMU pour l'unité Mixte de Recherche UMR1090 (2015-)
- Gestionnaire de collection HAL du laboratoire (2023-)
- Administrateur du site web (2023-)
- Représentant avec Hortense Vachon des ITA statutaires au conseil de laboratoire (2024-)
- Membre de la cellule RPS du laboratoire (2024-)
Intérêt de recherche
Je participe actuellement à la conception et au déploiement de plusieurs site web pour différents projets de recherche du laboratoire en lien avec les chercheurs. Ces projets nécessites parfois, le développement et l'interfaçage de base de données relationnelles, de pipeline d'analyse ou d'accès programmatique aux données (REST). Tout ces développements suivent les principes du FAIR data.
Au niveau analyse de données, forte de mon expérience en analyse de micro-arrays (transcriptome, 2007-) puis de séquençage à haut débit (ChIP-seq, RNA-seq, 2009-), je me suis récemment formée à l'analyse du RNA single-cell pour les besoins du laboratoire.
Collaborations
en interne au laboratoire :
- Benoît BALLESTER (projet remap; 2020-)
- Christophe CHEVILLARD (projet cardiomyopathie; 2024-)
- Andreas ZANZONI (projet mimicintweb; 2024-)
pour la plateforme TGML :
- support bio-informatique pour le TGML
- Pierre Szepetowski (INMED; 2024-)
Références externes
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https://orcid.org/0000-0003-1518-4562 |
| Github | https://github.com/bergona |