Titre : "Prédisposition génétique au paludisme : Profils génomiques et transcriptionnels pour l’identification de variants régulateurs spécifiques de types cellulaires"
Date : vendredi 28 mars à 14h
Lieu : Auditorium de l’Hexagone de Luminy.
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Composition du jury: Emmanuelle GENIN Rapporteuse DR - GGB David COURTIN Rapporteur CR - IRD Mickaël MENAGER Examinateur DR - Imagine Christophe CHEVILLARD Président du jury DR - TAGC Sandrine MARQUET Directrice de thèse CR - TAGC Pascal RIHET Co-directeur de thèse Pr Emérite - TAGC
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Le paludisme est responsable de nombreux décès chaque année, principalement causés par Plasmodium falciparum. Les études de gènes candidats et les études d'association pangénomique ont montré l’association de plusieurs variants génétiques avec la résistance ou la susceptibilité au paludisme, révélant ainsi le rôle clé des facteurs génétiques de l’hôte. Aujourd'hui, le défi réside dans l'identification des variants génétiques causaux, souvent en déséquilibre de liaison avec les tagSNPs.
Mon travail de thèse a permis d’identifier de nouveaux variants régulateurs et de décrypter des mécanismes aux niveaux moléculaire et cellulaire pouvant expliquer en partie le contrôle de l’infection et la susceptibilité aux formes cliniques. En adoptant une approche intégrative combinant bioinformatique, génétique et analyses fonctionnelles, mes recherches ont permis de mettre en lumière un nouvel élément régulateur et des mécanismes complexes résultant de l’interaction de plusieurs variants génétiques.
J’ai également exploré l’effet de ces interactions sur les réseaux de régulations multigéniques en montrant comment ils modulent l'expression génique et altèrent certains processus physiologiques dans des types cellulaires particuliers.
Ainsi, ces découvertes m'ont permis d’apporter de nouvelles connaissances dans la compréhension des mécanismes biologiques tels que, l’homéostasie calcique et l’activation de cellules immunitaires dans le contexte des infections palustres. Ce travail propose des pistes prometteuses pour le développement de nouvelles approches thérapeutiques et préventives contre le paludisme grave, contribuant ainsi à un champ de recherche en pleine évolution.
Mots-clés : Génome-scan, Paludisme, Variants Régulateurs, Transcriptomique, Cellule Unique
Malaria is responsible for numerous deaths each year, primarily caused by Plasmodium falciparum. Candidate gene studies and genome-wide association studies have identified several genetic variants associated with resistance or susceptibility to malaria, highlighting the key role of host genetic factors. Today, the challenge lies in identifying causal genetic variants, which are often in linkage disequilibrium with tagSNPs.
My PhD work has led to the identification of novel regulatory variants and the elucidation of molecular and cellular mechanisms that partially explain infection control and susceptibility to clinical forms. By adopting an integrative approach that combines bioinformatics, genetics, and functional analyses, my research has uncovered a novel regulatory element and complex mechanisms resulting from the interaction of multiple genetic variants.
I have also explored the effect of these interactions on multigenic regulatory networks, demonstrating how they modulate gene expression and alter specific physiological processes in particular cell types.
These discoveries have provided new insights into biological mechanisms such as calcium homeostasis and immune cell activation in the context of malaria infections. This work offers promising avenues for the development of novel therapeutic and preventive approaches against severe malaria, thereby contributing to a rapidly evolving field of research.
Keywords : Genome-wide scan, Malaria, Regulatory Variants, Transcriptomics, Single-cell