Intérêts de recherche
Enseignement
2004-courant, Enseignant en Génomique, Bioinformatique, Informatique et Statistique, Aix-Marseille Université, France (192 heures/an en Licence et Master)
2013-2022 Formateur en Génomique et Bioinformatique, AVIESAN-IFB-Inserm Ecole de Bioinformatique niveau I, Station Biologique de Roscoff, France (40 heures/an)
2021-2022 Formateur en génomique et bio-informatique, AVIESAN-IFB-Inserm Ecole de bio-informatique niveau II, Station Biologique de Roscoff, France (40 heures/an)
2022-actuel Co-organisateur de l'école d'été de MarMaRa (1 semaine).
2022-courant Programme de doctorat MarMaRa, Aix-Marseille Université, France (16 heures/an).
Collaborations
Salvatore Spicuglia, Caractérisation épigénomique du développement des cellules T, TAGC, AMU, France (14 publications) ; Dr. Saadi Khochbin, Caractérisation épigénomique de la spermiogenèse, IAB, Grenoble, France (6 publications) ; Dr. Vahid Asnafi, Caractérisation épigénomique de la leucémie à cellules T, Hôpital Necker, Paris, France (4 publications) ; Prof. Cécile Capponi, Machine-Learning appliqué à l'annotation fonctionnelle du génome, LIS, AMU, France (3 publications) ; Prof. Kaj Chokeshaiusaha, Epigenomic characterization of animal genomes using bioinformatics, Faculty of Veterinary Medicine, Rajamangala University of Technology Tawan-Ok, Thailand (6 publications) ; Prof EA Donadi, Transcriptomic analyzes to decipher the physiopathology of diabetes mellitus, Faculty of Medicine of Ribeirão Preto, University of São Paulo, Brazil (3 publications) ; Dr. Magali Irla, Caractérisation génomique du thymus, CIML, AMU, France (4 publications, une publication en préparation) ; Prof. Arnauld Sergé, Caractérisation de la moelle thymique, Laboratoire d'Adhésion et d'Inflammation, LAI, AMU, France (une publication en préparation).
Financement
Références externes
DÉVELOPPEMENT DE LOGICIELS (voir https://github.com/dputhier )
2023 - Scigenex ; 2024 - STarlight ; 2021 - OLOGRAM-MODL ; 2020 - OLOGRAM ; 2019 - Python GTF toolkit ; 2019 - libgtftk ; 2009 - RTools4TB ; 2008 - TranscriptomeBrowser ;