Responsabilités scientifiques et administratives
Chef de groupe : Génétique et génomique fonctionnelle du paludisme.
Co-responsable communication et culture scientifique.
Membre de l’institut des Maladies Rares de Marseille (MarMaRa) (organisatrice école d’été).
Membre du programme transversal GOLD (Variabilité génomique, Inserm).
Membre Action paludisme, I3M (Inserm).
Intérêts de recherche
Chef de groupe en génétique et génomique fonctionnelle du paludisme au TAGC depuis 2018. Notre expertise combine la génétique, la biologie moléculaire et cellulaire, la génomique, et la bioinformatique. En s’appuyant sur les données d’études d’association pangénomique ou en réalisant des études du transcriptome sur cellule unique, nous cherchons à caractériser les dysfonctionnements moléculaires et cellulaires responsables du devenir de l’infection par P. falciparum.. Nous avons 1) montré que certains mécanismes sont communs entre le neuropaludisme et les maladies neurodégénératives; 2) identifier des variants génétiques causaux impliqués dans des processus complexes de régulations; 3) identifé un nouveau type d’élément cis-régulateur "ESpromoter". Notre groupe a apporté de nouvelles connaissances dans la compréhension des mécanismes pathogéniques. Notre approche multi-omique actuelle, permettra d’élucid er les interactions hôte-pathogène.
Principaux domaines:
1. Recherche des gènes et variants causaux impliqués dans le développement des formes graves de paludisme.
2. Etude de l’impact des régions cis-régulatrices et des variants génétiques du locus ATP2B4-LAX1 sur les voies TCR/BCR et la susceptibilité au paludisme.
3. Analyse intégrative pour découvrir des biomarqueurs prédictifs du devenir de l’infection palustre.
4. Caractérisation des bases moléculaires de la fonction des éléments cis-régulateurs dans des contextes normaux et pathologiques (Coll. S. Spicuglia).
Enseignement
Master 1 Biologie-Santé International, module « Physiopathologies des maladies infectieuses », Aix-Marseille université.
Master 1 Immunologie, module « Génétique moléculaire et biologie cellulaire », Ax-Marseille Université.
Master 2 Biochimie structurale, Génomique, module « génomique et biologie des systèmes », Aix-Marseille Université.
Encadrement de personnels et d'étudiants
Encadrement d’étudiants et Ingénieurs :
Actuellement :
Adjemout Mathieu (Doctorant, co-sup P. Rihet, TAGC)
Loréna Quatreville (doctorante)
Gaelle Farah (doctorante, co-sup. S.Spicuglia, TAGC)
Amélie Escandell (Ingénieur, co-sup. S. Spicuglia, TAGC)
Magali Torres (Ingénieur, mutualisé)
Bruno Pouvelle (Ingénieur, mutualisé)
Ingénieur MADBIO en cours de recrutement
Précédemment :
I. Safeukui (doctorant), S. Cabantous (doctorante), S. Nisar (doctorante, co-encad P. Rihet), M. Niang (doctorant), R. Feliciano (doctorant), A. Barros (Post-doctorante, co-encad avec C. Chevillard), A. Merghani (doctorant), S. Passabet-labiste (M2), S. Roetynck (M2) , C. Endjineyao-Wakoutou (M2), B. Poudiougou (M2), E. Chevereau (M2), S. Berbache (M2), U. Ewanda Ndoumbe (M2), M. Ouarhache (M2, co-encad C. Chevillard), T. Tran (M2, co-encad P.Rihet), M. Le Phuong Nguyen (M2), M. Adjemout (M2, co-encad P. Rihet), H. Thu Huu (M2, co-encad P. Rihet), G. Farah (M2, co-encad S. Spicuglia), A. Escandell (M2), S. Fontanille (M1), L. Brosseau (M1), N. Blahic (M1, co-encad P.Rihet), M. Matahri (M1), J. Gendre (M1, co-encadrement P. Rihet), M. Adjemout (M1, co-encad P. Rihet), A. Escandell (M1), A. Sahtel (M1), A. Fernandez 2024 (M1), O. Ott 2024 (M1), C. Deschamp (Licence), L. Faedda (Licence), P. Rocheteau (Licence), E. Cornille (ingénieur), D. Josse (BTS), A. Luthier (BTS), B. Mr oimana (BTS), T. Riziki (BTS), S. M’houdini (BTS), V. Coulet (BTS, co-encad M. Torres).
Collaborations
• Ogobara Doumbo, DEAP, Bamako, Mali (2000-2018)
• Marouf Keita, paediatrics department, Gabriel Touré Hospital, Bamako, Mali
• Delmiro fernandez-Reyes, dept of computer science, London, United Kingdon
• Laurent Abel, Institut Imagine, Inserm U1163, Paris, France
• Antoine Claessens, LPHI, UMR5235, Montpellier, France
• Nicolas Blanchard and Antoine Berry, Infinity, UMR1291, Toulouse, France
• Sandrine Nsango, CPC, Yaoundé, Cameroun
• Lionel Spinelli, CIML, Marseille, France
• Lucas Amenga-Etego, Navrongo Health Research Center, Ghana
• Hugues Aschard, Institut Pasteur, Paris, France
• Véronique Adoue, Infinity, UMR1291, Toulouse, France
Financement
ANR MAD-BIO (2023-2026) Coordinatrice
https://anr.fr/Project-ANR-22-CE15-0025
PRI Inserm MalariaOmics (2023-2027) Coordinatrice
https://pro.inserm.fr/decouvrez-les-24-projets-laureats-des-appels-internationaux-de-linserm-en-2022
ANR ENHPROM (2023-2028; Coor S. Spicuglia, TAGC)
https://anr.fr/Projet-ANR-23-CE12-0008
References externes
https://orcid.org/0000-0001-7011-6496
https://www.researchgate.net/profile/Sandrine-Marquet/research
https://scholar.google.fr/citations?user=ET-FBD8AAAAJ&hl=fr