Responsabilités scientifiques et administratives
Chercheur TAGC, Encadrant directeur thèse
Membre cellules RPS et transition TAGC
Intérêts de recherche
Identification de variants régulateurs des récepteurs immunitaires : impact sur les réponses anti-infectieuses et anti-tumorales"
Les variants génétiques non codants jouent un rôle crucial dans la régulation des réponses immunitaires, en influençant l’expression de gènes impliqués dans les signaux activateurs ou inhibiteurs des récepteurs immunitaires, notamment les récepteurs de type "checkpoint". En modulant l’équilibre entre ces signaux, ces éléments régulateurs conditionnent les réponses cytotoxiques et inflammatoires, avec un impact direct sur la susceptibilité aux infections et aux cancers.
Notre projet vise à identifier et caractériser ces variants régulateurs en combinant des approches bioinformatiques et expérimentales à haut débit. Nous nous focalisons sur des gènes clés tels que FCGR2B, LILRB1 ou CD49d, impliqués dans la régulation de la réponse humorale, l’ADCC et les mécanismes d’échappement immunitaire.
Dans le contexte infectieux, nous avons démontré que des variants régulateurs de FCGR2B/2C étaient associés à une réponse humorale protectrice contre Plasmodium falciparum chez des enfants vivant en zone endémique au Burkina Faso (PMID: 37958695, 39450553). Plus récemment, une cohorte sénégalaise exposée au paludisme a permis d’identifier un variant régulateur de LILRB1 associé au risque de développer la maladie.
En parallèle, nous explorons l’implication de ces variants dans des contextes cliniques complexes, tels que les complications infectieuses post-greffe pulmonaire ou hématopoïétique, et les hémopathies malignes B, notamment les leucémies aiguës myéloïdes (LAM) et la leucémie lymphoïde chronique (LLC), en lien avec la résistance aux immunothérapies (anti-CD20).
En collaboration avec l’équipe de Salvatore Spicuglia (TAGC), nous avons mis en place un criblage STARR-seq allèle-spécifique permettant l’évaluation fonctionnelle à haut débit de milliers de variants non codants identifiés par des analyses intégratives (GWAS, eQTL, ATAC-seq, Hi-C). Ce pipeline, développé par Christelle Dieppois (doctorante), a permis d’identifier 4168 variants candidats actifs dans les cellules de LLC, dont 91 ont montré une activité régulatrice significative. Des validations par CRISPRi et des analyses de cohortes, en lien avec le Pr Costello (AP-HM), sont en cours pour établir leur pertinence clinique.
L’objectif global est d’identifier des signatures génétiques prédictives de la réponse immunitaire et du pronostic, afin d’orienter les stratégies vaccinales et les traitements personnalisés, dans une approche intégrée alliant génomique, immunologie et médecine de précision.
Enseignement
Encadrement étudiant thèse et Master.
Encadrement de personnels et d'étudiants
current
Christelle Dieppois , Thèse doctorat, Bourse INSERM région oct 2023-2026
Iris Mano Salva: IR CDD AMU Amidex Janvier 2025
Bruno Pouvelle IR TAGC
co-encadrement avec LAI , Post doc Ying Zhou Boursière Century
Collaborations
Collaborations en cours
Locales
Laboratoire Adhésion et Inflammation (UMR7333), PI: Olivier Theodoly
Développement de micro-assays dans le cadre d’un financement Amidex.
EFS-Alpes Méditerranée, PI: Christophe Picard et Pascal Pedini
Analyse de cohortes : étude des variants régulateurs FCGR et LIRB1 en lien avec les outcomes de la transplantation pulmonaire et de la leucémie aiguë myéloïde.
Alain Roussel (LISM, Marseille) et partenaire industriel Biocytex (Maxime Moullard)
Étude des mécanismes d’expression de molécules ciblées par les nanobodies à valeur diagnostique ou pronostique pour les hémopathies malignes.
Pr Régis Costello (Chef de service Onco-Hématologie, AP-HM/ TAGC)
Analyse des profils transcriptionnels et fonctionnels associés au pronostic des hémopathies malignes (leucémie aiguë myéloïde et lymphomes B circulants).
Collaboration avec le CIC Biothérapie (Pr Sabatier et Magalon, AP-HM, Hôpital de la Conception): Projet PHRC national, essai clinique ADICROHN II : aide à la recherche pour identifier des profils associés à l’efficacité de la thérapie cellulaire dans la maladie de Crohn.
Internationales
ISGlobal, Barcelone
Recherche de variants régulateurs FCGR associés à l’immunisation anti-SARS-CoV-2.
Serge Swagadago (Université Joseph KI-ZERBO, Burkina Faso, UFR/SDS)
Étude des variants associés à l’immunité humorale chez les enfants burkinabe
David Courtin (IRD, Ghana)
Financement
- Amidex , Collaboration LAI porteur Olivier Theodoly 2024-2027
- Programme Canceropole Emergeance ; fev 2025-2026
- Collaboration CIC Biotherapie, AP-HM , hopital de la conception, PHRC national AP-HM essai clinique ADICROHN II coordination des exploration biologiques