ReMap is a large scale integrative analysis of DNA-binding experiments for Homo sapiens, Mus musculus, Drosophila melanogaster and Arabidopsis thaliana transcriptional regulators. The catalogues are the results of the manual curation of ChIP-seq, ChIP-exo, DAP-seq from public sources (GEO, ENCODE, ENA).

ReMap est une base de données de référence dédiée à l'identification et à l'exploration des régions régulatrices du génome. Développée par les équipes d'Aix-Marseille Université, de l'Inserm et du laboratoire TAGC (Theories and Approaches of Genomic Complexity), elle met à disposition de la communauté scientifique un atlas complet des sites de liaison des facteurs de transcription et autres régulateurs de l'expression génique.

La plateforme agrège et harmonise des milliers d'expériences publiques de génomique fonctionnelle (notamment ChIP-seq, ChIP-exo et DAP-seq) provenant de ressources internationales telles que GEO, ENCODE et ENA. Toutes les données sont soumises à un processus rigoureux de curation manuelle, de contrôle qualité et d'analyse bioinformatique uniforme afin de garantir leur fiabilité et leur comparabilité.

La version actuelle de ReMap couvre plusieurs organismes modèles, notamment l'Homme (Homo sapiens), la Souris (Mus musculus), la Drosophile (Drosophila melanogaster) et Arabidopsis thaliana. Elle rassemble plus de 11 000 jeux de données analysés et fournit des catalogues de régions régulatrices pour plus de 1 200 facteurs de transcription chez l'Homme, représentant plus de 180 millions de sites de liaison.

L'interface web permet d'effectuer des recherches par facteur de transcription, type cellulaire, tissu, espèce ou expérience, de visualiser les régions régulatrices sur les navigateurs génomiques (UCSC, Ensembl, NCBI), de télécharger les jeux de données et d'interroger les catalogues via une API REST destinée aux analyses bioinformatiques automatisées.

Grâce à la qualité de sa curation et à la richesse de ses données, ReMap constitue aujourd'hui une ressource incontournable pour l'étude de la régulation transcriptionnelle, l'interprétation des données de séquençage, l'analyse des variants génétiques et la recherche en génomique fonctionnelle. La plateforme est largement utilisée par la communauté scientifique internationale et fait l'objet de mises à jour régulières afin d'intégrer les nouvelles données publiques et d'améliorer les outils d'exploration.