• Understanding biological complexity, from genotype to phenotype, with interdisciplinary approaches.
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Bioinformatics and genomics of molecular networks

This research axis aims at deciphering the functional organization of the genome, defining the functional role of non coding transcripts, analyzing the molecular interactions at the DNA, RNA or protein level, developing new strategies to integrate heterogeneous information.

 

Genetics and genomics of multifactorial diseases

This research axis aims at identifying genes and mechanisms underlying the complex phenotypes in multifactorial diseases such as haematological malignancies, sepsis, malaria, and cardiomyopathies.

Education

TAGC Members are actively involved in education and propose various theoretical and practical courses related to molecular biology, genetics, genomics, bioinformatics, statistics and informatics.

Attendees range from BSc, MSc, and PhD students to postdoctoral fellows and researchers.

Next Generation Sequencing Facility - TGML

The Transcriptomic and Genomic Marseille-Luminy (TGML) platform is involved in transcriptomic and genomic data production and analysis since 2001.

TAGC is part of Centuri

The Turing Centre for Living Systems (CENTURI) is an interdisciplinary project located in Marseille (France). CENTURI aims at developing an integrated interdisciplinary community, to decipher the complexity of biological systems through the understanding of how biological function emerges from the organization and dynamics of living systems.

Bioinformatics Resources and Biological Platforms

The TAGC members develop and deploy bioinformatics tools, databases and workflows ranging from next generations sequencing data analysis to network analysis.

The TAGC also own platforms for molecular biology, cell culture imaging and animals breeding.

Our goal

Understanding biological complexity, from genotype to phenotype, with interdisciplinary approaches.

Events

19 Dec 2019

PhD Thesis defense - Jeanne Cheneby

Titre: Etude des éléments cis-régulateurs : identification et caractérisation

Date et Lieu: Jeudi 19 décembre 2019 à 14h dans l'amphithéâtre de l'Hexagone, campus Luminy, Marseille.

Résumé:

Le processus de régulation de la transcription des gènes repose très largement sur l’existence de séquences d’ADN non codantes dans le génome. Ces séquences d’ADN, appelées “éléments cis-régulateurs”, ont la particularité de recruter de nombreuses protéines capables de réguler le niveau de transcription des gènes. Parmi ces protéines, les  facteurs de transcription sont capables de se fixer directement sur l’ADN. Les facteurs de transcription coopèrent avec d’autres protéines régulatrices, les cofacteurs, afin de réguler la transcription. Les protéines régulatrices de la transcription permettent la fixation et la régulation de l’enzyme d’ARN polymérase II qui transcrit les gènes en ARN messager. Leurs fixations sur les éléments cis-régulateurs permettent une régulation des gènes dans l’espace et dans le temps. Pour mieux comprendre la régulation de l’expression des gènes, il est nécessaire d’identifier les éléments cis-régulateurs dans le génome afin de caractériser et d’identifier les mécanismes d’action des éléments régulateurs et des protéines qui leur sont liés. Le développement rapide des méthodes de séquençage à haut débit a permis l’identification des interactions ADN/protéines à grande échelle. L'accumulation massive des données de séquençage dans les banques de données publiques permet l'intégration de nombreuses expériences capturant les interactions entre les facteurs de transcription et l’ADN par des moyens bioinformatiques. Le but de mon doctorat a été d’annoter et traiter de façon uniforme les données brutes issues d’expériences de séquençage dont l’objectif est d’identifier les régions de fixation des protéines régulatrices pour l’Homme puis chez Arabidopsis Thaliana. Nous avons traité des données de ChIP-seq, ChIP-exo et DAP-seq afin d'élaborer plusieurs catalogues de régions régulatrices chez l’homme et  Arabidopsis Thaliana. Toutes ces données sont disponibles au sein du projet ReMap. Nous les avons complétées par une analyse de toutes les marques d’histones pour Arabidopsis Thaliana. Pour effectuer ces analyses nous avons développé des workflows reproductibles, scalables et portables sur des architectures différentes. Cette analyse intégrative à haut débit nous a permis d’identifier de nombreux nouveaux éléments cis-régulateurs. Ces données ont aussi été utilisées pour identifier les sites de fixations reconnus par les facteurs de transcription et pour  consolider la base de données JASPAR pour l’Homme et Arabidopsis Thaliana. Enfin, ce catalogue a été utilisé dans le développement d’une nouvelle méthode appliquant un algorithme basé sur l’entropie permettant de différencier les événements de fixations directes et indirectes par les protéines dans les résultats de ChIP-seq. 

Membres du jury:

  • Pr. Philipp BUCHER (Rapporteur)
  • Dre Morgane THOMAS-CHOLLIER (Rapporteur)
  • François PARCY (Examinateur)
  • Delphine POTIER (Invitée)
  • Dr Andrew SAURIN (Invité)
  • Dre Christine BRUN (Co-directeur)
  • Dr Benoît BALLESTER (Co-directeur)
20 Dec 2019

PhD Thesis defense - Florian Rosier

Titre: Au-delà des études d'association à l'échelle du génome : "Étude transcriptomique et identification des variants régulateurs impliqués dans le développement du sepsis"

Date et Lieu: Vendredi 20 Décembre à 14h dans l’amphithéâtre de l'hexagone, campus de Luminy, Marseille

Résumé:

En 2017, l'Assemblée mondiale de la Santé et l'Organisation mondiale de la Santé ont fait du sepsis une priorité de santé mondiale en adoptant une résolution pour améliorer, prévenir, diagnostiquer et gérer le sepsis. Cette pathologie tue principalement des personnes déjà fragilisées. Il a été démontré que l'état du patient et la réponse immunitaire de l'hôte est primordiale dans le développement de la pathologie. Mon projet de thèse a tout d’abord consisté à caractériser la réponse transcriptionnelle de cellules du péritoine stimulées au LPS dans un modèle murin du sepsis. Par ailleurs, j’ai recherché les variants génétiques cis-régulateurs potentiellement impliqués dans la mortalité des patients en choc septique par une approche bioinformatique et une validation fonctionnelle expérimentale. Ces 2 projets mettent en évidence, chez l'homme, des mécanismes de la régulation de l’expression de gènes clés dans la survie des patients atteints de sepsis. 

Jury:

  • Pr Pascal Rihet (co-directeur de thèse)
  • Dr Lydie Pradel (co-directrice de thèse)
  • Dr Emmanuelle Génin (rapportrice)
  • Dr François Sabot (rapporteur)
  • Dr Julien Textoris (examinateur)
  • Dr Catherine Nguyen (examinatrice)

News

  1. PhD Thesis defense - Florian Rosier

    Titre: Au-delà des études d'association à l'échelle du génome : "Étude transcriptomique et identification des variants régulateurs impliqués dans le développement du sepsis"

    Date et Lieu: Vendredi 20 Décembre à 14h dans l’amphithéâtre de l'hexagone, campus de Luminy, Marseille

    Résumé:

  2. PhD Thesis defense - Jeanne Cheneby

    Titre: Etude des éléments cis-régulateurs : identification et caractérisation

    Date et Lieu: Jeudi 19 décembre 2019 à 14h dans l'amphithéâtre de l'Hexagone, campus Luminy, Marseille.

    Résumé:

  3. PhD Thesis defense - Alexandre Espana

    Titre : Caractérisation des enhancers dérégulés dans la leucémie aigüe lymphoblastique de type T

    Date et Lieu : Vendredi 13 décembre à 14h dans l’amphithéâtre 11, bâtiment B, Campus de Luminy, Marseille.

  4. TAGC is part of the new CRISPR screen platform
  5. New Funding - ANR - CE15, Immunologie, Infectiologie et Inflammation

    Christophe Chevillard was one of the Laureat of the Appel à projets générique 2019 - CE15, Immunologie, Infectiologie et Inflammation - « Instrument de financement : Projet de Recherche Collaborative (PRC) »

    Project: Landscardio

    Title: Caractérisation de variations génétiques délétaires associées aux cardiomyopathies

    Coordinator: Christophe  CHEVILLARD

    Time period: 2020-2023

    Abstract:

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