mimicINT est un outil bioinformatique développé par les équipes du laboratoire TAGC (Theories and Approaches of Genomic Complexity) d'Aix-Marseille Université et de l'Inserm. Il permet de prédire les interactions entre les protéines de microorganismes (virus, bactéries ou autres pathogènes) et les protéines humaines en s'appuyant sur les mécanismes de mimétisme moléculaire, un processus par lequel les pathogènes imitent des éléments fonctionnels des protéines de leur hôte afin de détourner les processus cellulaires.
L'outil analyse des séquences protéiques au format FASTA afin d'identifier deux principaux types d'éléments impliqués dans les interactions protéine-protéine : les domaines protéiques et les motifs linéaires courts (Short Linear Motifs, SLiMs). Ces signatures sont détectées à l'aide de ressources de référence telles qu'InterPro et ELM, puis comparées à des modèles d'interactions expérimentales issus des bases de données 3did et ELM afin d'inférer les interactions potentielles entre les protéines du microorganisme et celles de l'hôte humain.
Le site web mimicINTweb propose une interface web simple d'utilisation permettant d'exécuter le workflow sans compétences en programmation. Les utilisateurs peuvent soumettre jusqu'à 50 séquences protéiques, personnaliser les principaux paramètres d'analyse, suivre l'exécution des calculs et consulter les résultats sous forme de tableaux interactifs. Les prédictions comprennent la liste des interactions inférées, les domaines et motifs détectés, ainsi qu'une analyse d'enrichissement fonctionnel des protéines humaines ciblées, basée sur des annotations telles que Gene Ontology, Reactome et KEGG. Les résultats peuvent être téléchargés pour des analyses complémentaires.
Afin d'améliorer la fiabilité des prédictions, mimicINT intègre plusieurs mécanismes de contrôle, notamment un filtrage des interactions fondé sur un score de similarité des domaines de liaison aux motifs ainsi que des méthodes statistiques limitant les faux positifs liés à la détection des SLiMs. Cette approche permet d'obtenir des prédictions plus spécifiques et biologiquement pertinentes.
Grâce à son approche intégrative et à son interface accessible, mimicINT constitue un outil précieux pour l'étude des interactions hôte-pathogène, l'identification de nouveaux mécanismes de virulence et la génération d'hypothèses biologiques pouvant être validées expérimentalement. Il contribue ainsi à une meilleure compréhension des maladies infectieuses et au développement de nouvelles stratégies thérapeutiques.
