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19 Dec 2019

PhD Thesis defense - Jeanne Cheneby

Titre: Etude des éléments cis-régulateurs : identification et caractérisation

Date et Lieu: Jeudi 19 décembre 2019 à 14h dans l'amphithéâtre de l'Hexagone, campus Luminy, Marseille.

Résumé:

Le processus de régulation de la transcription des gènes repose très largement sur l’existence de séquences d’ADN non codantes dans le génome. Ces séquences d’ADN, appelées “éléments cis-régulateurs”, ont la particularité de recruter de nombreuses protéines capables de réguler le niveau de transcription des gènes. Parmi ces protéines, les  facteurs de transcription sont capables de se fixer directement sur l’ADN. Les facteurs de transcription coopèrent avec d’autres protéines régulatrices, les cofacteurs, afin de réguler la transcription. Les protéines régulatrices de la transcription permettent la fixation et la régulation de l’enzyme d’ARN polymérase II qui transcrit les gènes en ARN messager. Leurs fixations sur les éléments cis-régulateurs permettent une régulation des gènes dans l’espace et dans le temps. Pour mieux comprendre la régulation de l’expression des gènes, il est nécessaire d’identifier les éléments cis-régulateurs dans le génome afin de caractériser et d’identifier les mécanismes d’action des éléments régulateurs et des protéines qui leur sont liés. Le développement rapide des méthodes de séquençage à haut débit a permis l’identification des interactions ADN/protéines à grande échelle. L'accumulation massive des données de séquençage dans les banques de données publiques permet l'intégration de nombreuses expériences capturant les interactions entre les facteurs de transcription et l’ADN par des moyens bioinformatiques. Le but de mon doctorat a été d’annoter et traiter de façon uniforme les données brutes issues d’expériences de séquençage dont l’objectif est d’identifier les régions de fixation des protéines régulatrices pour l’Homme puis chez Arabidopsis Thaliana. Nous avons traité des données de ChIP-seq, ChIP-exo et DAP-seq afin d'élaborer plusieurs catalogues de régions régulatrices chez l’homme et  Arabidopsis Thaliana. Toutes ces données sont disponibles au sein du projet ReMap. Nous les avons complétées par une analyse de toutes les marques d’histones pour Arabidopsis Thaliana. Pour effectuer ces analyses nous avons développé des workflows reproductibles, scalables et portables sur des architectures différentes. Cette analyse intégrative à haut débit nous a permis d’identifier de nombreux nouveaux éléments cis-régulateurs. Ces données ont aussi été utilisées pour identifier les sites de fixations reconnus par les facteurs de transcription et pour  consolider la base de données JASPAR pour l’Homme et Arabidopsis Thaliana. Enfin, ce catalogue a été utilisé dans le développement d’une nouvelle méthode appliquant un algorithme basé sur l’entropie permettant de différencier les événements de fixations directes et indirectes par les protéines dans les résultats de ChIP-seq. 

Membres du jury:

  • Pr. Philipp BUCHER (Rapporteur)
  • Dre Morgane THOMAS-CHOLLIER (Rapporteur)
  • François PARCY (Examinateur)
  • Delphine POTIER (Invitée)
  • Dr Andrew SAURIN (Invité)
  • Dre Christine BRUN (Co-directeur)
  • Dr Benoît BALLESTER (Co-directeur)
20 Dec 2019

PhD Thesis defense - Florian Rosier

Titre: Au-delà des études d'association à l'échelle du génome : "Étude transcriptomique et identification des variants régulateurs impliqués dans le développement du sepsis"

Date et Lieu: Vendredi 20 Décembre à 14h dans l’amphithéâtre de l'hexagone, campus de Luminy, Marseille

Résumé:

En 2017, l'Assemblée mondiale de la Santé et l'Organisation mondiale de la Santé ont fait du sepsis une priorité de santé mondiale en adoptant une résolution pour améliorer, prévenir, diagnostiquer et gérer le sepsis. Cette pathologie tue principalement des personnes déjà fragilisées. Il a été démontré que l'état du patient et la réponse immunitaire de l'hôte est primordiale dans le développement de la pathologie. Mon projet de thèse a tout d’abord consisté à caractériser la réponse transcriptionnelle de cellules du péritoine stimulées au LPS dans un modèle murin du sepsis. Par ailleurs, j’ai recherché les variants génétiques cis-régulateurs potentiellement impliqués dans la mortalité des patients en choc septique par une approche bioinformatique et une validation fonctionnelle expérimentale. Ces 2 projets mettent en évidence, chez l'homme, des mécanismes de la régulation de l’expression de gènes clés dans la survie des patients atteints de sepsis. 

Jury:

  • Pr Pascal Rihet (co-directeur de thèse)
  • Dr Lydie Pradel (co-directrice de thèse)
  • Dr Emmanuelle Génin (rapportrice)
  • Dr François Sabot (rapporteur)
  • Dr Julien Textoris (examinateur)
  • Dr Catherine Nguyen (examinatrice)
10 Jan 2020

Internal Seminar - Laurent Perrin

14 Jan 2020

External Seminar - François Payre - Centre de Biologie Intégrative - CNRS - Université Paul Sabatier - Toulouse

"Peptides encoded by apparently non-coding RNAs: Functional insights from flies"

http://cbi-toulouse.fr/fr/equipe-payre-lab

17 Jan 2020

Internal Seminar - Regis Costello

24 Jan 2020

Internal Seminar - Christophe Chevillard

31 Jan 2020

Internal Seminar - Laurence Roder

7 Feb 2020

Internal Seminar - Tom Tran

14 Feb 2020

Internal Seminar - Lucie Khamvongsa

21 Feb 2020

Internal Seminar - Saswati Saha

28 Feb 2020

Internal Seminar - Samia Nisar

6 Mar 2020

Internal Seminar - Nori Sadouni

11 Mar 2020

External Seminar - Robin Andersson - Section for Computational and RNA Biology, Department of Biology, University of Copenhagen, Denmark

Insights into gene regulatory elements from transcription start site sequencing

Abstract: The correct activities of enhancers and promoters are essential for the coordinated transcriptional activities within a cell. Their critical roles have motivated diverse methodology to measure the activities of each type, implicitly assuming that they are distinct. I will describe our efforts to characterize the activities and architectures of enhancers and promoters using Cap Analysis of Gene Expression (CAGE) and how such data reveal broad similarities between enhancers and promoters, suggesting a unifying architecture of transcriptional regulatory elements with varying levels of enhancer and promoter potential. I will further present our work on assessing the importance of individual regulatory elements, through modelling of the impact of regulatory genetic variants and architectural redundancies.

Key references:

Andersson R, Sandelin A. Determinants of enhancer and promoter activities of regulatory elements [published online ahead of print, 2019 Oct 11]. Nat Rev Genet. 2019;10.1038/s41576-019-0173-8. doi:10.1038/s41576-019-0173-8

Rennie S, Dalby M, Lloret-Llinares M, et al. Transcription start site analysis reveals widespread divergent transcription in D. melanogaster and core promoter-encoded enhancer activities. Nucleic Acids Res. 2018;46(11):5455–5469. doi:10.1093/nar/gky244

Rennie S, Dalby M, van Duin L, Andersson R. Transcriptional decomposition reveals active chromatin architectures and cell specific regulatory interactions. Nat Commun. 2018;9(1):487. Published 2018 Feb 5. doi:10.1038/s41467-017-02798-1

Andersson R, Chen Y, Core L, Lis JT, Sandelin A, Jensen TH. Human Gene Promoters Are Intrinsically Bidirectional. Mol Cell. 2015;60(3):346–347. doi:10.1016/j.molcel.2015.10.015

Andersson R, Refsing Andersen P, Valen E, et al. Nuclear stability and transcriptional directionality separate functionally distinct RNA species. Nat Commun. 2014;5:5336. Published 2014 Nov 12. doi:10.1038/ncomms6336

Andersson R, Gebhard C, Miguel-Escalada I, et al. An atlas of active enhancers across human cell types and tissues. Nature. 2014;507(7493):455–461. doi:10.1038/nature12787

13 Mar 2020

Internal Seminar - Florian Rosier

20 Mar 2020

Internal Seminar - José David Abad Flores

27 Mar 2020

Internal Seminar - Benoit Ballester

3 Apr 2020

Internal Seminar - Denis Puthier

10 Apr 2020

Internal Seminar - Nathalie Arquier

17 Apr 2020

Internal Seminar - M2 students' presentation

24 Apr 2020

Internal Seminar - M2 students' presentation

15 May 2020

Internal Seminar - Sandrine Marquet

5 Jun 2020

Internal Seminar - Himanshu Singh

12 Jun 2020

Internal Seminar - Sébastien Choteau

19 Jun 2020

Internal Seminar - Pauline Brochet

26 Jun 2020

Internal Seminar - Fairouz Hammal

3 Jul 2020

Internal Seminar - Pauline Andrieux

10 Jul 2020

Internal Seminar - Lamia Madaci