Events

Titre: Etude des éléments cis-régulateurs : identification et caractérisation

Date et Lieu: Jeudi 19 décembre 2019 à 14h dans l'amphithéâtre de l'Hexagone, campus Luminy, Marseille.

Résumé:

Le processus de régulation de la transcription des gènes repose très largement sur l’existence de séquences d’ADN non codantes dans le génome. Ces séquences d’ADN, appelées “éléments cis-régulateurs”, ont la particularité de recruter de nombreuses protéines capables de réguler le niveau de transcription des gènes. Parmi ces protéines, les  facteurs de transcription sont capables de se fixer directement sur l’ADN. Les facteurs de transcription coopèrent avec d’autres protéines régulatrices, les cofacteurs, afin de réguler la transcription. Les protéines régulatrices de la transcription permettent la fixation et la régulation de l’enzyme d’ARN polymérase II qui transcrit les gènes en ARN messager. Leurs fixations sur les éléments cis-régulateurs permettent une régulation des gènes dans l’espace et dans le temps. Pour mieux comprendre la régulation de l’expression des gènes, il est nécessaire d’identifier les éléments cis-régulateurs dans le génome afin de caractériser et d’identifier les mécanismes d’action des éléments régulateurs et des protéines qui leur sont liés. Le développement rapide des méthodes de séquençage à haut débit a permis l’identification des interactions ADN/protéines à grande échelle. L'accumulation massive des données de séquençage dans les banques de données publiques permet l'intégration de nombreuses expériences capturant les interactions entre les facteurs de transcription et l’ADN par des moyens bioinformatiques. Le but de mon doctorat a été d’annoter et traiter de façon uniforme les données brutes issues d’expériences de séquençage dont l’objectif est d’identifier les régions de fixation des protéines régulatrices pour l’Homme puis chez Arabidopsis Thaliana. Nous avons traité des données de ChIP-seq, ChIP-exo et DAP-seq afin d'élaborer plusieurs catalogues de régions régulatrices chez l’homme et  Arabidopsis Thaliana. Toutes ces données sont disponibles au sein du projet ReMap. Nous les avons complétées par une analyse de toutes les marques d’histones pour Arabidopsis Thaliana. Pour effectuer ces analyses nous avons développé des workflows reproductibles, scalables et portables sur des architectures différentes. Cette analyse intégrative à haut débit nous a permis d’identifier de nombreux nouveaux éléments cis-régulateurs. Ces données ont aussi été utilisées pour identifier les sites de fixations reconnus par les facteurs de transcription et pour  consolider la base de données JASPAR pour l’Homme et Arabidopsis Thaliana. Enfin, ce catalogue a été utilisé dans le développement d’une nouvelle méthode appliquant un algorithme basé sur l’entropie permettant de différencier les événements de fixations directes et indirectes par les protéines dans les résultats de ChIP-seq. 

Membres du jury:

• Pr. Philipp BUCHER (Rapporteur)
• Dre Morgane THOMAS-CHOLLIER (Rapporteur)
• François PARCY (Examinateur)
• Delphine POTIER (Invitée)
• Dr Andrew SAURIN (Invité)
• Dre Christine BRUN (Co-directeur)
• Dr Benoît BALLESTER (Co-directeur)